Balkan Türkoloji Araştırma Merkezinin temel çalışma amacı; Türk dili, tarihi, edebiyatı, folkloru ve müzikolojisi üzerinde araştırma yapmak ve Türkolojiyi geliştirmektir.

Bu genel amaç doğrultusunda Balkan Türkoloji çalışmalarını daha etkili ve verimli kılmayı, bilgi alışverişini hızlandırmayı, bilimsel alt yapı üzerine güvenli bilgi akışını sağlamayı, özgür ve yaratıcı birer birey olarak genç araştırmacılar yetiştirilmesine destek olmayı amaçlamaktadır.

Bunun sonucunda ortaya çıkacak özgün kanıtlanmış bilimsel verilerin Balkan bilim insanları arasındaki bilimsel köprüyü güçlendirerek yeni bir bakış açısı kazandırması hedeflenmektedir.